Профессор университета Иннополис Ярослав Холодов изобрел сверхбыстрый алгоритм моделирования белковых взаимодействий, который может проводить вычисления параллельно. По словам ученого, это поможет отказаться от дорогостоящих лабораторных экспериментов и полностью использовать компьютерное моделирование. На разработку алгоритма ушло более двух лет, а использовать его можно для увеличения скорости разработки лекарств, он также поможет разобраться в процессах внутри любых живых организмов.
Теперь можно провести исследование и изобрести лекарство в десятки и сотни раз быстрее, включая лекарства от ВИЧ, рака, да и вообще любых заболеваний, — рассказал «Известиям» Ярослав Холодов. — Алгоритм также позволяет анализировать действия вирусов или, например, что происходит внутри растений. Вообще изучение белок-белковых взаимодействий привлекает большое внимание научного мира.
Существующие сейчас программы не могут выполнять параллельное моделирование, они только могут проводить последовательный мониторинг конфигураций независимо друг от друга. Поэтому до сих пор исследование занимало несколько дней, что требовало больших мощностей суперкомпьютеров. А с помощью нового алгоритма такое же исследование займет до 15 минут. Кроме того, новый алгоритм благодаря параллельным вычислениям позволяет находить дополнительные взаимосвязанные функции взаимодействий разных белков.
Руководитель лаборатории «Структурная биоинформатика» университета ИТМО Юрий Порозов рассказал, что новый алгоритм позволит на порядки расширить область поиска взаимодействующих молекул и решить три взаимосвязанные задачи, которые сейчас стоят перед учеными: как расширить ландшафт, как ускорить перебор вариантов и как повысить точность предсказания. Он отметил, что алгоритм позволит приблизиться к изобретению лекарства от рака, кроме того, есть огромное количество не менее серьезных болезней, которые также требуют внимания.