Вредными считают в Минэкономики и «предпосылки для принятия решений усмотренческого характера»: Минздрав предусмотрел возможность корректировки референтной цены «уполномоченным органом» в случае «недостоверного» объема данных для ее расчета или значительного влияния на рынок «политических, социально-экономических и финансовых факторов». Также Минздрав хочет корректировать на основании своих «экспертных оценок» дефляторы, рассчитанные Минэкономики. Все это может привести к тому, что «референтные цены будут устанавливаться произвольно по усмотрению должностных лиц» Минздрава, что «может ухудшить ситуацию» с закупками лекарств: сейчас по крайней мере «каждый заказчик несет ответственность, включая уголовную», за стартовую цену контракта. Возможность ИАС отражать данные о соблюдении поставщиком требований контракта к сроку годности лекарств также вызывает вопросы: откуда в системе появятся такие данные и как будет обеспечена их достоверность, Минздрав не указал.
Не готова к интеграции с ИАС (с 1 марта она должна быть введена в опытную эксплуатацию, а с 2018 года — в промышленную) и Единая информационная система (ЕИС) в сфере закупок, хотя президент поручил сделать это к 1 февраля. «Дорожная карта» по доработке ЕИС утверждена первым вице-премьером Игорем Шуваловым 28 ноября 2016 года, однако Минфин и Федеральное казначейство не выполнили ряд ее пунктов, в том числе о структурировании характеристик лекарств в машиночитаемом формате для обмена данными с ЕИС, заключает господин Елин. Итоги работы ИАС должны быть представлены в правительство в докладе о рейтинге регионов по уровню цен на госторгах 1 апреля 2019 года.