Сотрудники лаборатории вычислительных систем и прикладных технологий программирования НИВЦ МГУ запустили масштабные расчеты на суперкомпьютере «Ломоносов», которые помогут найти лекарство прямого действия от коронавируса.
Как отмечает РИА Новости со ссылкой на пресс-службу вуза, именно использование сверхмощных вычислительных систем помогает значительно ускорить подбор молекул для будущих лекарств благодаря технологиям молекулярного моделирования и докинга (особый вид молекулярного моделирования). Для успеха такой разработки необходима непрерывная работа целого конвейера – поиск нужных молекул, дизайн новых молекул и их суперкомпьютерный докинг, экспериментальное тестирование активности найденных молекул, синтез новых молекул и экспериментальная проверка их активности.
«Для многих болезней определены белки, которые отвечают за развитие патологий. Это могут быть вирусные белки, отвечающие за размножение вируса в организме или собственные белки человека, которые работают неправильно. И если мы заблокируем работу такого белка-мишени с помощью молекулы, которая избирательно свяжется с ним в его активном центре, то развитие болезни приостановится», – комментирует заведующий лабораторией вычислительных систем и прикладных технологий программирования НИВЦ МГУ Владимир Сулимов.
По данным пресс-службы, запущенные масштабные расчеты будут длиться несколько дней. На основе анализа структуры вируса и определения его белков-мишеней учеными был выбран один из таких белков, проанализирована пространственная структура этого белка и его комплексов. На основе таких структур сделаны модели для докинга. Сейчас среди этих соединений необходимо найти молекулы, наиболее сильно связывающиеся с белком-мишенью.
Результаты работы проверят экспериментально в лаборатории противовирусных и дезинфекционных средств Института вирусологии им. Д.И.Ивановского.
Как указано на сайте НИВЦ МГУ, суперкомпьютерный комплекс Московского университета является самым мощным в России. Основу комплекса составляют суперкомпьютеры «Ломоносов-2» (4.9 Пфлопс) и «Ломоносов» (1.7 Пфлопс). На суперкомпьютерах МГУ работают 2500 пользователей из 20 подразделений МГУ, более 100 институтов Российский академии наук, более 100 университетов России. Каждый день в суперкомпьютерном комплексе МГУ выполняются около 1000 вычислительно сложных задач, отвечающих всем направлениям Стратегии научно-технологического развития Российской Федерации.
